斯塔克公司最新研制的天幕衛星“霍華德”即将升空，它超強的監視功能飽受争議。而托尼·斯塔克則饒有興緻地與戰争機器詹姆士·羅德穿着各自的铠甲進行連番驚險刺激的較量。就在此時，號稱“突擊兵”的武裝機器人入侵發射場，與鋼鐵人和戰争機器展開激烈的混戰。而指揮部方面，一名自稱以西結的神秘白色铠甲人釋放出神秘生物細胞，殺害了所有眼前的生物。鋼鐵人在與他的對決中遭遇慘敗，指揮塔也徹底毀滅。在此之後，他拒絕向神盾局彙報細節，獨自一人找到正在休假的佩珀·波茨，一同調查以西結的身份及其真實目的。一方面，神盾局對斯塔克緊追不放；另一方面，來自暗處的敵人也接二連三向他襲來……