故事發生在二十一世紀末，彼時，魔法早就已經不再僅存與神話和傳說之中，而是同科學與超能力融合，成為了人盡皆知的存在。國家甚至成立了魔法大學附屬第一高校，專門培養此方面的人才，以便更好的為國家效力。司波達也（中村悠一配音）和妹妹司波深雪（早見沙織配音）是魔法高校的新生，深雪是能力優秀的“花冠”，而達也則是作為其替補的二科生“雜草”。在學園中，兄妹兩人結識了許多有趣的同伴們——個性大大咧咧不拘小節的千葉艾麗卡（内山夕實配音）、文靜膽小的柴田美月（佐藤聰美配音）、正直勇敢的西城雷歐哈魯特（寺島拓笃配音）、認真努力的吉田幹比古（田丸笃志配音），在學習的過程中，存在于學園之中的秘密也在逐漸揭曉。