這是一部經典的美國的動畫片。一天，一家工廠洩漏的有毒化學物質流到了紐約市的地下水道，這些化學物質令到四隻平凡的小海龜發生了基因突變，變成了像人一樣能站立行走的人形海龜，他們分别是米開朗基羅、達芬奇、拉斐爾和多納泰羅，而一位忍術了得的日本忍者斯普林特也因為接觸到這些物質而變成了一隻人形的老鼠。海龜們拜斯普林特為師傅，學習忍術和功夫，并在電視台記者範寶兒和愛瑪的幫助下，與住在地層地下企圖統治世界的克朗和他爪牙施萊德展開了一場又一場鬥爭。